Số liệu chính thức về thương vong của Đức rất khó xác định bởi những khác biệt nhỏ giữa các tài liệu do nhiều bộ chỉ huy Đức khác nhau lập ra. Daniel Marcus Davin đã tính toán con số là xấp xỉ 6.698 người, dựa trên việc kiểm tra nhiều nguồn khác nhau.[78] Con số này không bao gồm Quân đoàn Không quân số 8 cũng như những tổn thất mà Kriegsmarine phải chịu trong các cuộc đổ bộ đường biển bị hủy bỏ giữa chừng. Davin cũng lưu ý rằng ước tính của ông có thể đã loại ra vài trăm binh lính bị thương nhẹ.[79] Có thể còn có một số sai sót nhỏ khác. Tuy nhiên, Davin đã tuyên bố về trận Crete như sau:

Các báo cáo về thương vong của Đức trong những hồ sơ Anh đều bị phóng đại trong hầu hết mọi trường hợp và không được chấp nhận đối chiếu với các thống kê chính thức của Đức thời đó, được chuẩn bị cho các mục đích bình thường và không phải để tuyên truyền.[80]

Những hồ sơ phóng đại thương vong của Đức này bắt đầu xuất hiện gần như ngay sau khi trận đánh kết thúc. Nancy Margaret Taylor đã trích dẫn một báo cáo đăng trên báo The Press của New Zealand ngày 12 tháng 6 năm 1941 như sau:

Quân Đức mất ít nhất 12.000 người chết và bị thương, và khoảng 5.000 người chết đuối

[81]

Winston Churchill tuyên bố rằng Đức chịu tổn thất hơn 15.000 người,[27] trong khi đô đốc Andrew Cunningham cho rằng con số phải là hơn 22.000. Christopher Buckley đã dựa trên các giả định tình báo của Anh rằng có 2 kẻ địch bị thương cho mỗi người bị giết, và đưa ra con số ước tính tổng cộng 16.800 thương vong. Mặc dù những ước tính khá là cảm tính này phổ biến trong thời gian dài, nhưng Trung tâm Lịch sử Quân sự Lục quân Hoa Kỳ đã trích một hồ sơ của Chi nhánh Lịch sử của Văn phòng Nội các Anh và kết luận rằng phần lớn các sử gia đều chấp nhận còn số từ 6.000 đến 7.000 quân Đức thương vong là chính xác.[82]

Ủy ban Mộ phần Úc đã tính toán tổng cộng có khoảng 5.000 ngôi mộ lính Đức trong khu vực Maleme-vịnh Souda, tại Rethymno và Heraklion. Davin kết luận rằng tổng số này bao gồm cả một số lớn những cái chết do bệnh tật, tai nạn hoặc chiến đấu với quân du kích trong quá trình chiếm đóng của Đức.[83]

Thương vong của Đức bao gồm cả một danh sách dài các sĩ quan được ủy nhiệm. Đứng đầu danh sách là thiếu tướng Wilhelm Süssman, chỉ huy Sư đoàn Không quân số 7 Đức và Cụm Trung tâm trong cuộc tấn công, chết khi tàu lượn của ông tách ra và bị rơi do tai nạn ngày 20 tháng 5 trên đường đến Crete. Cũng đáng chú ý trong danh sách này là thiếu tướng Eugen Meindl, tư lệnh Trung đoàn Không vận Bão tố và Cụm Tây trong cuộc tấn công, bị bắn vào ngực ngày 20 tháng 5 và được sơ tán sáng hôm sau. Theo Davin, những tù nhân Đức duy nhất bị mang theo đến Ai Cập là 17 sĩ quan bị bắt.

Nổi bật trong số những người Đức bị chết là ba anh em, họ hàng của viên tướng Phổ Gebhard Leberecht von Blücher của trận Waterloo nổi tiếng. Người đầu tiên thiệt mạng là Bá tước Leberecht von Blücher, khi đang cố gắng tái tiếp tế đạn dược cho anh trai là trung úy Wolfgang von Blücher khi ông này cùng trung đội của mình bị tiểu đoàn Black Watch bao vây. Leberecht, 19 tuổi, đã trưng dụng một con ngựa và cố gắng phi nước đại qua trận tuyến quân Anh; lúc sắp đến được vị trí của anh mình thì ông bị trúng đạn ngay trước mắt anh trai. Hôm sau, Wolfgang, 24 tuổi, đã bị giết cùng toàn bộ trung đội. Cuối cùng, người em út là Hans-Joachim, 17 tuổi, đã bị báo cáo là tử trận vài ngày sau nhưng thi thể không bao giờ được tìm thấy. Nhiều năm sau đó, những dân làng người Crete báo rằng đã nhìn thấy vào ban đêm một kỵ sĩ ma phi nước đại trên con đường gần nơi mà Leberecht bị bắn; nhưng cho đến khi được nghe câu chuyện về ba anh em von Blücher, họ vẫn cho rằng đó là một người Anh.[84]

Không quân Đức cũng bị tổn thất nặng nề trong trận chiến: trong giai đoạn 13 tháng 5-1 tháng 6, Luftwaffe ghi nhận thiệt hại 220 máy bay, dù chỉ có 147 trong số đó có thể tính trực tiếp cho các hoạt động của đối phương (80 chiếc Ju52/3m, 55 chiếc Bf 109 và Bf 110, 23 chiếc Ju 88, He 111 và Do 17, 9 chiếc Ju 87). Thêm 64 chiếc nữa bị xóa sổ do những thương tích quá nghiêm trọng. Tổng cộng là 284 máy bay, và thêm hàng trăm chiếc khác bị thương ở nhiều mức độ khác nhau. Trong đó, từ 20 tháng 5 đến 1 tháng 6, nhóm máy bay vận tải bị mất tổng cộng 117 chiếc Ju52/3m bị hư hại nặng, thêm 125 chiếc bị thương nhưng sửa chữa được.[85] 311 phi hành đoàn Đức bị liệt kê là bị giết hoặc mất tích, thêm 127 người khác bị thương.[85] Những tổn thất đó sau này đã gây ảnh hưởng tiêu cực đến tình thế của quân Đức tại mặt trận Xô-Đức vào năm 1942, khi nảy sinh nhu cầu thiết lập các cầu không vận cho những lực lượng bị cô lập, nhất là tại Stalingrad. Thậm chí cho đến lúc đó, nền công nghiệp máy bay được thúc ép mạnh mẽ của Đức vẫn không thể bù đắp được sự lãng phí tai hại này.[85]

Phe Đồng Minh mất 3.500 lính: 1.742 chết, một số lượng chừng ấy bị thương, cùng với 12.254 quân của Khối Thịnh vượng chung và 5.255 quân Hy Lạp bị bắt.[86][87] Ngoài ra Hải quân Hoàng gia Anh cũng có 1.828 người chết và 183 bị thương.[87] Sau chiến tranh, các ngôi mộ Đồng Minh từ bốn khu chôn cất do lực lượng Đức lập ra đã được di dời đến Nghĩa trang Trung tâm Vịnh Souda.

Một số lớn dân thường đã bị thiệt mạng trong quá trình giao tranh hoặc khi đang chiến đấu như du kích. Nhiều người dân Crete đã bị quân Đức bắn để trả thù, cả trong trận chiến lẫn trong thời gian chiếm đóng sau đó.[88] Một nguồn của người Crete đưa ra con số dân Crete bị quân Đức giết trong chiến tranh là 6.593 đàn ông, 1.113 phụ nữ và 869 trẻ em. Các hồ sơ của Đức chỉ ra rằng số người Crete bị xử bắn là 3.474, và ít nhất thêm 1.000 thường dân bị sát hại trong các cuộc thảm sát vào cuối năm 1944.[89]

Các máy bay Đức, chủ yếu là loại Ju-87 và Ju-88, đã tiêu diệt được 3 tàu tuần dương (Gloucester, Fiji và Calcutta) cùng 6 tàu khu trục (Kelly, Greyhound, Kashmir, Hereward, Imperial và Juno) của Anh. Tàu sân bay Formidable, các thiết giáp hạm Warspite và Barham, các khu trục hạm Kelvin và Nubian, cùng các tuần dương hạm Ajax, Dido, Orion, và Perth đều bị hư hại nên không thể hoạt động trong vòng 4 tháng. Khi đang thả neo trong vịnh Souda phía bắc Crete, tuần dương hạm hạng nặng HMS York (90) đã bị các thuyền động cơ nổ của Ý đánh trọng thương và mắc cạn ngày 26 tháng 3 năm 1941. Tàu này sau đó bị phá hủy bằng lượng nổ lõm va bị bỏ lại khi quân Đồng Minh sơ tán khỏi Crete trong tháng 5.[90] Đến ngày 1 tháng 6, sức mạnh của Hải quân Hoàng gia Anh tại phía đông Địa Trung Hải giảm xuống chỉ còn 2 thiết giáp hạm và 3 tuần dương hạm, trong khi phải chống lại Hải quân ý với 4 thiết giáp hạm và 11 tuần dương hạm.[91]

Lực lượng phòng không trên tàu của Hải quân Hoàng gia tuyên bố rằng trong giai đoạn từ 15 đến 27 tháng 5 có "Hai mươi máy bay địch... chắc chắn bị bắn hạ, thêm 11 chiếc là có khả năng. Ít nhất 15 máy bay cho thấy bị thương..."; từ 28 tháng 5 đến 1 tháng 6, 2 máy bay khác nữa được tuyên bố là bị hạ và 6 chiếc khác bị thương, như vậy tổng cộng có 22 được cho là bị tiêu diệt, 11 có thể bị hạ và 21 chiếc bị thương trong toàn bộ chiến dịch.[92]